Namangan davlat universiteti
Annotatsiya. Mazkur ishda muallif tomonidan tuzilgan “Ligand-Multiprotein” yordamchi dasturidan foydalanib, muskat yangogi efir moyi tarkibidagi birikmalarning tanlangan oqsillarga bogʻlanish energiyalari AutoDock Vina dasturida oʻrganildi. Ligand-Multiprotein yordamchi dasturi bitta ligand molekulasining ketma-ket 55ta va undan ortiq oqsillarga bogʻlanish energiyalarini AutoDock Vina dasturi yordamida aniqlash imkonini beradi. Multiprotein tadqiqotlari natijasida muskat yangʻogʻi efir moyining asosiy tarkib birikmalari 55ta oqsilning koʻpchiligi bilan kuchsiz (>-6 kkal/mol) va oʻrtacha (-6.0 − -8.0 kkal/mol) bogʻlanish energiyalariga ega ekanligi aniqlandi. Ammo, muskat yangʻogʻi efir moyi tarkibida kam miqdorda uchraydigan ba'zi birikmalar saraton va atsetilxolinesteraza nishon oqsillari bilan kuchli (-8.0 − -10 kkal/mol) bog'lanishi aniqlandi. Olingan natijalar muskat yongʻogʻi efir moyining minor birikmalari uning biologik faolligiga hissa qoʻshishi mumkinligini va qoʻshimcha ravishda molekulyar dinamik va farmakologik tadqiqotlar oʻtkazishni talab qilishini koʻrsatadi.
Kalit so'zlar: Muskat yong'og'i, efir moyi, multiprotein doking, AutoDock Vina
Аннотация. В данном исследовании с использованием программы AutoDock Vina и разработанной авторами утилиты «Ligand-Multiprotein» изучены энергии связывания соединений эфирного масла мускатного ореха с выбранными белками-мишенями. Данная утилита позволяет последовательно определять энергии связывания одной молекулы лиганда с 55 и более белками с использованием AutoDock Vina. Многобелковый докинг-анализ показал, что основные компоненты эфирного масла мускатного ореха, как правило, демонстрируют слабое (> −6,0 ккал/моль) или умеренное (от −6,0 до −8,0 ккал/моль) прогнозируемое сродство к большинству из 55 белковых мишеней. Однако несколько соединений, присутствующих в эфирном масле мускатного ореха в относительно низких концентрациях, продемонстрировали сильное прогнозируемое сродство (от −8,0 до −10,0 ккал/моль) к отдельным мишеням, связанным с онкологическими заболеваниями, а также к ацетилхолинэстеразе (АХЭ). Полученные результаты позволяют предположить, что минорные компоненты эфирного масла мускатного ореха могут вносить вклад в его потенциальную биологическую активность и заслуживают дальнейшего изучения с использованием моделирования молекулярной динамики и экспериментальных методов
Ключевые слова: Мускатный орех, эфирные масла, мультипротеиновая стыковка, AutoDock Vina
Abstract. Abstract. In this study, the binding energies of nutmeg essential oil compounds with selected protein targets were investigated using the AutoDock Vina program and the author-developed “Ligand-Multiprotein” utility. This utility enables the sequential determination of the binding energies of a single ligand molecule against 55 or more proteins using AutoDock Vina. Multiprotein docking analysis showed that the major constituents of nutmeg essential oil generally exhibited weak (> −6.0 kcal/mol) to moderate (−6.0 to −8.0 kcal/mol) binding affinities toward most of the 55 protein targets. However, several compounds present in nutmeg essential oil at relatively low concentrations demonstrated strong predicted binding affinities (−8.0 to −10.0 kcal/mol) toward selected cancer-related and acetylcholinesterase (AChE) targets. These findings suggest that minor constituents of nutmeg essential oil may contribute to its potential biological activity and warrant further investigation using molecular dynamics simulations and experimental studies.
Keywords: Nutmeg, essential oils, multiprotein docking, AutoDock Vina